Οι έδρες αυτές χρηματοδοτούνται από την Ευρωπαϊκή Ένωση στο πλαίσιο του προγράμματος Erasmus+ και στόχο έχουν την προαγωγή της διδασκαλίας και μελέτης της Ευρωπαϊκής ολοκλήρωσης. Απονέμονται για περίοδο τριών ετών κατόπιν ανοιχτού διαγωνισμού στον οποίο έχουν δικαίωμα συμμετοχής πανεπιστημιακοί από πάνω από 70 χώρες σε ολόκληρο τον κόσμο.

Οι κάτοχοι, το έτος απονομής και το αντικείμενο των εννέα (ο υψηλότερος αριθμός από όλα τα ελληνικά πανεπιστήμια) Εδρών Jean Monnet που έχουν απονεμηθεί σε διδάσκοντες του ιδρύματος έχουν ως εξής:

1. Κωνσταντίνος Στεφάνου (1992): «Ευρωπαϊκό Δίκαιο και Θεσμοί»
2. Γρηγόρης Τσάλτας (1994): «Ευρωπαϊκή Ένωση και Αναπτυσσόμενες Χώρες»
3. Ηρώ Στεφάνου (1998, Γενικό Τμήμα Δικαίου): «Ευρωπαϊκό Κοινωνικό Δίκαιο και Πολιτική»
4. Χάρης Ταγαράς (1998): Έδρα ad personnam «Δίκαιο της Ευρωπαϊκής Ένωσης»
5. Παναγιώτης Ήφαιστος: «Ευρωπαϊκή Πολιτική Ενοποίηση και Ευρωπαϊκή Ασφάλεια»
6. Στέλιος Περράκης: Έδρα ad personnam «Δημοκρατία και Δικαιώματα του Ανθρώπου στην Ευρωπαϊκή Ένωση»
7. Αργύρης Γ. Πασσάς (2014): «Δημόσια Διοίκηση και Ευρωπαϊκή Ολοκλήρωση»
8. Μαρία-Ντανιέλλα Μαρούδα (2017): «Ενωσιακή Αλληλεγγύη στον τομέα της Πολιτικής Προστασίας και της Ανθρωπιστικής Δράσης»
9. Διονύσης Γ. Δημητρακόπουλος (2025): «Δημοκρατική Διακυβέρνηση στην Ευρωπαϊκή Ένωση»